ജേക്കബ് തോമസ് തുറമുഖ ഡയറക്ടറായായിരിക്കെ ഡ്രഡ്ജര് വാങ്ങിയത് ചട്ടങ്ങള് മറികടന്നാണെന്നും ഇതില് ക്രമക്കേടുണ്ടെന്നും ചീഫ് സെക്രട്ടറി എസ്എം വിജയാനന്ദിന്റെ റിപ്പോര്ട്ട്. നിലവില് വിജിലന്സ് ഡയറക്ടറായ ജേക്കബ് തോമസിനെ തല്സ്ഥാനത്തു നിന്ന് നീക്കി കേസ് എടുക്കണമെന്നും മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് സമര്പ്പിച്ച റിപ്പോര്ട്ടില് ശുപാര്ശ ചെയ്യുന്നു. റിപ്പോര്ട്ട് മുഖ്യമന്ത്രി പ്രോസിക്യൂഷന് ഡയറക്ടറുടെ ഓഫീസിലേക്ക് നിയമോപദേശത്തിനായി അയച്ചിരിക്കുകയാണ്.
ജേക്കബ് തോമസിന്റെ പേരില് ഐഎഎസുകാരും ഐപിഎസുകാരും തമ്മില് തുടങ്ങിയ തര്ക്കം രൂക്ഷമായി തുടരുന്നതിന്റെ സൂചനയാണ് റിപ്പോര്ട്ട്. ഐഎഎസ് ഉദ്യോഗസ്ഥരുടെ പേരില് വിജിലന്സ് അനാവശ്യമായി കേസെടുത്ത് അന്വേഷണം നടത്തുകയാണെന്നായിരുന്നു അവരുടെ ആക്ഷേപം. ഇതിന്റെ പേരില് ഐഎഎസുകാര് കൂട്ടയവധിയെടുത്ത് പ്രതിഷേധത്തിന് ഒരുങ്ങിയെങ്കിലും മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ ഭീഷണിയെത്തുടര്ന്ന് ഇവര് പിന്മാറി. എങ്കിലും പോര് രൂക്ഷമായി നിലനില്ക്കുകയാണ്.
2011-12 കാലത്ത് ജേക്കബ് തോമസ് തുറമുഖ ഡയറക്ടറായിരിക്കെ ഡ്രഡ്ജര് വാങ്ങിയതില് സംസ്ഥാന ഖജനാവിന് 15 കോടിരൂപയുടെ നഷ്ടം വരുത്തിയെന്നാണ് റിപ്പോര്ട്ട്. ധനവകുപ്പ് സെക്രട്ടറി ഡോ കെ.എം. അബ്രഹാമാണ് അന്വേഷണ റിപ്പോര്ട്ട് ചീഫ്സെക്രട്ടറിക്ക് നല്കിയത്. ജേക്കബ് തോമസ് വിജിലന്സ് ഡയറക്ടര് സ്ഥാനത്തു തുടരുന്നത് അന്വേഷണത്തെ ബാധിക്കുമെന്നും മാറ്റിനിര്ത്തുന്നതാണ് നല്ലതെന്നും ചീഫ്സെക്രട്ടറി മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് നല്കിയ റിപ്പോര്ട്ടില് പറയുന്നു.