കണ്ണൂര്‍ സര്‍വകലാശാലയില്‍ വിവിധ വിഷയങ്ങളുടെ 72 ബോര്‍ഡ് ഓഫ് സ്റ്റഡീസ് അംഗങ്ങളെ നാമനിര്‍ദേശം ചെയ്ത് ചാന്‍സലര്‍ കൂടിയായ ഗവര്‍ണര്‍ ആരിഫ് മുഹമ്മദ് ഖാന്‍ ഉത്തരവിട്ടു. കഴിഞ്ഞ 2 വര്‍ഷമായി കണ്ണൂര്‍ സര്‍വകലാശാലയില്‍ പഠന ബോര്‍ഡുകള്‍ നിലവിലില്ലായിരുന്നു.ചട്ടപ്രകാരം ഗവര്‍ണര്‍ നാമനിര്‍ദേശം ചെയ്യേണ്ട ബോര്‍ഡ് അംഗങ്ങളെ അന്നത്തെ വൈസ് ചാന്‍സലര്‍ ഡോ. ഗോപിനാഥ് രവീന്ദ്രന്‍ നേരിട്ട് നാമനിര്‍ദേശം ചെയ്തതാണ് വിവാദമായത്.
ഇതു ചോദ്യംചെയ്തു സ്വകാര്യ കോളജ് അധ്യാപകരുടെ പ്രതിപക്ഷ സംഘടന ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിക്കുകയും വിസിയുടെ തീരുമാനം കോടതി റദ്ദാക്കുകയുമായിരുന്നു.കോടതി ഉത്തരവനുസരിച്ച് വിസി, ഗവര്‍ണര്‍ക്ക് ബോര്‍ഡ് അംഗങ്ങളായി നിയമിക്കേണ്ടവരുടെ പട്ടിക പിന്നീട് സമര്‍പ്പിച്ചിരുന്നു. എന്നാല്‍ അദ്ദേഹം ഈ പട്ടിക തള്ളി. അതിനു ശേഷം മുന്‍ വിസി കോടതി ഉത്തരവിനെ തുടര്‍ന്ന് പുറത്തായി.
