കാലിക്കറ്റ് സർവകലാശാലാ വി.സിയെ പുറത്താക്കണമെന്നാവശ്യപ്പെട്ട് ഹൈക്കോടതിയിൽ ക്വോ വാറണ്ടോ റിട്ട് ഹർജി സമർപ്പിച്ചു.ഫറൂഖ് കോളജിലെ അസോസിയേറ്റ് പ്രൊഫസറാണ് ഹർജിക്കാരൻ. യു.ജി.സി മാനദണ്ഡങ്ങൾക്ക് വിരുദ്ധമായി സെർച്ച് കമ്മിറ്റി രൂപീകരിച്ചാണ് നിയമനം നടത്തിയതെന്നും ഡോ. എം.കെ. ജയരാജ് വി.സി സ്ഥാനത്ത് തുടരുന്നത് നിയമ വിരുദ്ധമാണെന്നുമാണ് ഹർജിയിൽ ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നത്.
ജയരാജിനെ വി.സി സ്ഥാനത്ത് നിന്നും ഉടൻ പുറത്താക്കണമെന്നാണ് ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ ആവശ്യം. ഹർജി ഹൈക്കോടതി ഫയലിൽ സ്വീകരിച്ചിട്ടുണ്ട്. തുടർന്ന് വി.സി ഡോ. എം.കെ ജയരാജിന് ഹൈക്കോടതി നോട്ടീസ് അയച്ചു. സർക്കാർ അനുകൂല പാനലിൽനിന്നായിരുന്നു ഡോ. ജയരാജിനെ വി.സിയായി നിയമിക്കാൻ ഗവർണർ ആരിഫ് മുഹമ്മദ് ഖാൻ തീരുമാനിച്ചത്.ഡോ. എം.കെ. ജയരാജ് കാലിക്കറ്റ് സർവകലാശാലക്ക് കീഴിൽ ഇരിങ്ങാലക്കുട ക്രൈസ്റ്റ് കോളജിൽനിന്നാണ് ഫിസിക്സിൽ ബിരുദം നേടിയത്. കുസാറ്റിൽ നിന്നാണ് എം.എസ്സി, പിഎച്ച്.ഡി ബിരുദങ്ങൾ.ഫറൂഖ് കോളജിലെ അസോസിയേറ്റ് പ്രൊഫസറാണ് ഹർജിക്കാരൻ.
യു.ജി.സി മാനദണ്ഡങ്ങൾക്ക് വിരുദ്ധമായി സെർച്ച് കമ്മിറ്റി രൂപീകരിച്ചാണ് നിയമനം നടത്തിയതെന്നും ഡോ. എം.കെ. ജയരാജ് വി.സി സ്ഥാനത്ത് തുടരുന്നത് നിയമ വിരുദ്ധമാണെന്നുമാണ് ഹർജിയിൽ ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നത്. ജയരാജിനെ വി.സി സ്ഥാനത്ത് നിന്നും ഉടൻ പുറത്താക്കണമെന്നാണ് ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ ആവശ്യം. ഹർജി ഹൈക്കോടതി ഫയലിൽ സ്വീകരിച്ചിട്ടുണ്ട്. തുടർന്ന് വി.സി ഡോ. എം.കെ ജയരാജിന് ഹൈക്കോടതി നോട്ടീസ് അയച്ചു.1990-91ൽ കേന്ദ്ര സർക്കാറിന് കീഴിൽ അഹ്മദാബാദിലുള്ള ഫിസിക്കൽ സയൻസ് ലബോറട്ടറിയിൽ പ്രവർത്തിച്ചു. പിന്നീട് തിരുവനന്തപുരത്തെ റീജനൽ റിസർച്ച് ലബോറട്ടറിയിലെത്തി.
ഇറ്റാലിയൻ സർക്കാരിന് കീഴിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്ന ഇ.എൻ.ഇ.എയിൽ വിസിറ്റിങ് സയന്റിസ്റ്റായും അദ്ദേഹം പ്രവർത്തിച്ചിട്ടുണ്ട്. 1992ൽ കുസാറ്റിൽ അസി. പ്രഫസറും 2009 ആഗസ്റ്റിൽ പ്രഫസറുമായി. ടോക്യോ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് ടെക്നോളജിയിലെ വിസിറ്റിങ് പ്രൊഫസർ കൂടിയായിരുന്നു ഡോ. എം.കെ. ജയരാജ്.